Malgrat que la guerra civil catalana va acabar amb la signatura de la Capitulació de Pedralbes, el 24 d'octubre de 1472, alguns dels problemes que causaren la guerra van continuar sense solució, com la política respecte als pagesos de remença i l’abolició dels mals usos. En aquests moments encara estava vigent la Sentència lnterlocutòria del 14 de gener de 1455, en què el rei Alfons el magnànim donava la raó als pagesos i suspenia el dret dels senyors a cobrar els mals usos, fins que aquests s'avinguessin a respondre de la demanda presentada pels pagesos. Davant la pressió dels senyors per l’impagament per part dels pagesos dels tributs, el nou rei Ferran II va promulgar la constitució Com per lo Senyor (8 d'octubre de 1481) en què derogava la sentència interlocutòria d'Alfons el Magnànim i retornà als senyors els drets sobre remences. Però quan els procuradors senyorials van intentar d'aplicar l'acord de l'assemblea, els camperols van reaccionar violentament i van iniciar el que es coneix com al segona guerra remença (1483-1486).Malgrat que el rei Ferran II va decidir pacificar el conflicte amb l’edició d’una nova concòrdia (Salvaguarda del 1483) amb la qual autoritzava el dret a reunió del Sindicat Remença i imposava uns talls per aconseguir la redempció dels mals usos, un grup de pagesos més radicals encapçalats per Pere Joan Sala, s'hi oposaren violentament. La primera acció de la nova guerra fou la desfeta d'una host reial a Mieres (22 de setembre de 1484) i posteriorment, un miler d'homes, després de derrotar la host del veguer de Barcelona Antoni Pere de Rocacrespa (Montornès, 4 de gener de 1485), van prendre la vila de Granollers (3 de febrer).
Les hostilitats van afectar de ple les terres del baix Maresme a principis del 1485. El gener, la ciutat de Barcelona ja va avisar als mataronins, com a “carrer”, que es preparessin contra un possible atac dels remences i que no participessin a favor d’ells. La defensa de Mataró es va centrar altre cop al voltant de l’edifici fortificat de l’església parroquial i en l’organització d’una defensa pròpia capitanejada per Joan Seguí i el barceloní Antoni Malvet i l’ajut de les parròquies del baix maresme que s’organitzaren en sometent dirigit per Pere Ballot d’Argentona. L’atac de les tropes remences de Joan Sala es va produir el 18 de març amb un segon atac efectuat quatre dies després, els quals van provocar la rendició de la ciutat de Mataró. Les tropes reials i de la ciutat de Barcelona interceptaren i derrotaren el 24 de març a les tropes de Pere Joan Sala a Llerona després que aquests haguessin pres Granollers.Aquesta guerra va tenir efectes negatius per a Mataró. En primer lloc, el fet de convertir-se la parròquia de Santa Maria de Mataró en un espai fortificat, va comportar seriosos danys a l’edifici. Un cop acabada la guerra, l’any 1488, quan Ferran II va resoldre a Saragossa sobre les reparacions que calia aplicar per la guerra a diversos llocs, va destinar , entre altres, “...a la vila de Matero per la obra de la iglesia quaranta lliures, a Joan Seguí de Matero cinc lliures i a Pere Seguí de Matero sis lliure i vuit sous.”. Els efectes destructors de les tropes de Sala a l’església també s’evidencien en el text corresponent a la deliberació del Consell de la Universitat de Mataró, del 13 d’abril del mateix any, en què el batlle Salvador Jofre s’esmenta que “...é stat conclòs e determinat que sien elegides personeas per fer vintè o quorantè o tayll la quantitat del qual (...) percehirà no puxe servir a neguns cosos sinó tant solament per la obre de la sglésia de la dita vila de Matheró la qual stà en molt grandíssim perill...” Mataró també va haver de participar en el pagament de les despeses militars, ja que la ciutat de Barcelona va imposar la contribució de 30 lliures per aquest concepte.
